■第１部　木星編

　宇宙世紀００９２年。一年戦争に勝利した地球連邦だったが、大戦に疲弊した大国に、ジオンを再併合する力はなく、むしろ次々にコロニーが独立を果たし、世界は群雄割拠の状態におかれていた。文明を支えるエネルギー源を求めて、また、さらなる飛躍の地を求めて、諸勢力は木星圏に進出し、資源を、そして覇権をめぐる争いを続けている。そんな中、同じコロニー国家でありながら国家体制やイデオロギーのまったく違う敵同士の主人公、マシュマーとハマーンは出会う。二人の「亡国の恋」をきっかけに、それぞれを取り巻く人々、そして国々が動き出す。
　壮大なスケールを備えた舞台を縦断するように繰り広げられる、第一部。

第１話「木星沖海戦」

第２話「運命の二人」

第３話「新司令官マシュマー・セロ」

■第２部　ジオン公国編

　宇宙世紀００９７年。「亡国の恋」が結実し、つかの間の幸せを味わったマシュマーとハマーンだったが、父マハラジャ、そしてジオン公国公王ミネバの死は、二人を新たな局面へと導いてゆく。結婚し子をなしたことを秘めたまま、それぞれの立場を全うすることを決意した二人は、イギリスからそれぞれのコロニーへと戻っていた。しかし二人を結び合わせた運命は、ジオンとソロモン、二つのまったく違った国を引き寄せていく。その前に、地球連邦が不気味な存在としてますます脅威となりつつあった。
　諸勢力がうごめく中、陰謀と攻防、そして個々が胸に秘めた思いを守り、なしとげるための戦いが繰り広げられてゆく第二部。

■第３部　ガイア宙域編

　優れた科学技術を誇り、サイド３と並ぶ強大なコロニー国家として繁栄したサイド２「ガイア」。しかし一年戦争でジオン公国の侵攻を受け統一国家は分裂、現在はクロスボーン・バンガード、オーブル結成同盟、アガスタ共和国、アリスタ共和国、パシフィック正統政府など多数の国家が乱立し、紛争が絶えないエリアとなっている。地球連邦の治安維持組織ティターンズは、この地域紛争に介入し自らの力をもってガイア再統一を成し遂げることで、地球連邦へのコロニー諸国家の再統合という野望への足がかりをつかもうとしていた。これに対し、新興のコロニー国家ソロモン共和国も艦隊を派遣。ガイアにうごめく諸勢力の動静は、やがてコロニー諸国家の命運を揺るがす事態へと発展してゆく。　
　過去と現在が歴史のモザイクとなって編まれてゆく、第三部。